La instalación en Granada de la Compañía de Jesús se remonta a 1554 cuando, por iniciativa del arzobispo Pedro Guerrero, asumieron la política de adoctrinamiento y asimilación pacífica de los moriscos del Albaicín en el Colegio de los Niños de la Doctrina. Sin embargo, dos años más tarde mudaron su emplazamiento hacia la zona baja de la ciudad, en las inmediaciones del convento de la Encarnación, con un proyecto más complejo al trasladarse el Noviciado de Andalucía desde Sevilla. El colegio de San Pablo fue definido por Bartolomé de Bustamente, autor del diseño arquitectónico de la mayoría de los colegios andaluces, e implicando en su ejecución a hermanos de la Compañía. No obstante, pronto se advirtió lo insuficiente de su planta, por lo que se rehizo el conjunto siguiendo un ambicioso proyecto diseñado por Martín de Baseta, iniciándose los trabajos en 1600 que no culminaría hasta el primer tercio del siglo XVII e integrando varios claustros en torno a los cuales se estructuraba el coristado, noviciado, escuelas, teatro e iglesia.   La construcción del templo se inició en 1574, contando con el valioso apoyo del arzobispo Guerrero y el donativo de importantes familias establecidas en el entorno de San Jerónimo, convirtiéndolo en el primer ejemplo de arquitectura contrarreformista de la ciudad. Con la intervención en las trazas de Bustamente, Baseta y Lázaro de Velasco se concluye la nave y las capillas laterales en 1589. El acaudalado Bartolomé Veneroso donaría una cuantiosa suma para la terminación de la cabecera y la construcción de una suntuosa cúpula escurialense sobre el crucero, trazada por Pedro Sánchez. La inauguración del templo tuvo lugar en 1622 con motivo de la canonización de San Ignacio de Loyola y San Francisco Javier, y a partir de ese momento se acometieron labores de embellecimiento como la decoración interior de la cúpula por Alonso de Mena y Bartolomé de Raxis, o la realización de los retablos bajo trazas de Francisco Díaz de Ribero, destacando los del transepto dedicados a San Ignacio y a San Francisco Javier. El retablo mayor se conforma como una auténtica máquina barroca ideada por Ribero para las solemnes celebraciones de la Compañía, integrando la claridad del retablo clasicista con el dinamismo prebarroco en el empleo pionero de la columna salomónica. Ello se completa con el efectismo del sagrario que al girarlo se convierte en manifestador que cobija la custodia, y a través de los paneles con los cuadros de Pedro Atanasio Bocanegra dedicados a San Pablo y que una vez abiertos muestran un monumental retablo-relicario. Tanto la torre, obra de José de Bada, como la portada principal, son obra del siglo XVIII. Por toda la iglesia y sacristía se hallan imágenes de los más reputados artistas del Barroco granadino como los hermanos García, Juan de Sevilla, José de Mora, José Risueño o Torcuato Ruiz del Peral, entre otros. Tras la exclaustración de los regulares en 1767, la iglesia se convirtió en colegiata, sustituyendo a la del Salvador del Albaicín, hasta que en 1799 se trasladó aquí la parroquial de los Santos Justo y Pastor que hasta ese momento tenía anexo el convento de la Encarnación.